L'Apel rassemble 1 000 000 d'adhérents au sein des établissements de l’Enseignement catholique. Elle est organisée en plusieurs échelons : les Apel d’établissement sont regroupées au sein des Apel départementales, elles-mêmes regroupées au sein des Apel académiques, elles-mêmes regroupées au sein de l’Apel nationale.

Les Apel d’établissement ont un rôle d’accueil, d’animation, d’information et de conseil des parents d’élèves. Les Apel départementales assurent la formation des responsables d’Apel d’établissement et les Apel académiques coordonnent l’action des responsables départementaux et organisent leur formation. Enfin, l’Apel nationale assure la formation et l’animation des différents échelons de l’association. Elle participe également au débat éducatif national et elle est en contact régulier avec le ministère de l’Éducation nationale.